病理科创建于1984年，其前身为中国医学科学院儿科研究所病理研究室。病理科现有医师4名，技师2名，其中主治医师3名，主任医师1名，副主任技师1名，技术员1人。硕士生导师1名。

拥有高精仪器设备莱卡CM1950冰冻切片系统；莱卡ST5010全自动染色封片一体机；莱卡ASP300s、ASP200s全自动组织脱水机；奥林巴斯BX5RTF显微镜；DM2000系列生物显微镜；荧光显微镜；朗珈PathQC病理质控与资料管理系统等。

已开展的病理技术项目包括：常规HE染色、术中冰冻切片、免疫组织化染色、组织化学染色、组织/细胞原位杂交检测EBER、组织/细胞多色荧光原位杂交（FISH）检测，免疫荧光、尸检及细胞学检查等；目前开展儿童软组织肿瘤、淋巴造血系统肿瘤、泌尿生殖系统肿瘤、儿童消化系统疾病、神经系统疾病等的诊断与鉴别，特别在儿童各种肿瘤，如神经母细胞瘤、肝母细胞瘤、肾母细胞瘤、Langerhans细胞组织细胞增生症、卵黄囊瘤、畸胎瘤，以及儿童先天性畸形及发育异常等疾病，如先天性巨结肠、先天性肺气道畸形等疾病方面都具有较丰富的病理诊断经验。

科室累计培养硕士研究生3名，同时承担所院合作科室研究生的培养和毕业设计等工作。

科室在神经母细胞瘤，Langerhans细胞组织细胞，先天性巨结肠等领域与其他科室开展项目合作，提供技术支持，并参与相关课题的研究。另承担了国家“973”重大科研工作，在围产儿先天性畸形的研究中取得一定的成绩，并获得了北京市科技进步三等奖，宋庆龄基金会儿科医师奖等。

科室理念：一切以病人为中心, 严谨求实，精益求精。